بني مسجد أيوب سلطان عام 1458 أي بعد خمس سنوات من فتح القسطنطينية، وهو أول مسجد بناه المسلمون في إسطنبول بعد فتح القسطنطينية عام 1453.
يضم مجمع المسجد في خارجه مبنى منفصل فيه قبر الصحابي الجليل أبي أيوب الأنصاري لمن أراد زيارته، وقبور أخرى كثيرة خارج المجمع. يُسمِّي الأتراك الصحابي الجليل أبي أيوب الأنصاري باسم «أيوب سلطان» تقديرا ومحبة له. وتحيط بالمسجد بعض الأسواق التراثية التي يقصدها السياح، ومرتادو المسجد، والذي تزين جدرانه نقوش إسلامية بديعة.